Genetikkunniga, se hit!

[AbCdE]

Om man har låt säga en uppsättning DNA från en dinosaurie, är det svårt att få det exakta utseendet pga att metyleringen av generna är så olika för varje celltyp?
Syns metylering öht på gamla extrakt?
Någon som kan reda ut detta som snurrar runt i mitt huvud innan jag ska somna varje kväll

Ursäkta prefixet, hittade inget lämpligt.

 

[Mkb]

Jag skulle inte kalla mig särskilt genetik-kunnig så det finns säkert de som har bättre svar, men borde inte största anledningen till att man inte kan få en tydlig bild av dinosaurieDNA vara halveringstiden och nedbrytandet av DNAt? Alltså att oavsett metyleringen så är strängarna efter såpass många miljoner år långtifrån intakta och alltför korta eller förstörda för att kunna ge all information man vill ha?

 

[Tuvstarr]

Med reservation för att det är typ 100 år sedan jag studerade biologi, och epigenetik inte precis var det jag specialiserade mig på.
Så är det väl egentligen fler än en fråga.

Är det svårare att jobba med gammalt DNA? Ja, eftersom det till stor del brutits ner. Redan några årtionden gammalt DNA är svårt, eftersom det består av så korta bitar.

Metylgrupper bryts också ned med tiden, så det kommer att bli svårare att få bra resultat ju äldre materialet är.

Kan man utvinna DNA ur dinosaurier? Nej, det äldsta DNA man hittat var några hundra tusen år gammalt. Där är det redan fråga om minimala fragment. Jag har läst att någon påstår sig ha hittat dinosaurie DNA, men det anses tydligen ytterst osannolikt att det stämmer. I fossil har ju det organiska materialet brutits ned och ersatts av mineraler.

Lite oklart vad du avser med "det exakta utseendet". Den exakta gensekvensen? Dinosauriens utseende? Exakt var metylgrupperna sitter? Detta är ju specifikt för varje cell, så det man mäter är hur precis denna cell/celltyp är metylerad.

Om man nu lyckades hitta DNA från dinosaurie och lyckades sekvensera den och lyckades undersöka metyleringen, så hade man fått veta hur exakt den vävnaden, låt säga benmärg, var metylerad. Den informationen säger oss ändå i princip ingenting om hur dinosaurien som sådan såg ut. Inte ens om vi hade DNA plus metylering från alla celltyper hade informationen som sådan sagt oss hur något djur såg ut.

 

[Tuvstarr]

Så jag fortsätter...
Om du med utseendet menar att man tillexempel i människor hittat en gen som man kopplat till låt oss säga utstående öron, höga kindben eller rött hår, så är det ju för att man jämfört olika gener med olika utseenden och kommit fram till att alla rödhåriga har en viss typ av en viss gen. Eller, om just det utseendet råkar styras epigenetiskt, en metylerad eller ometylerad variant av genen.

Att bara titta på DNA, oberoende av om vi också ser metyleringen, säger oss inget om utseende. Vi behöver alltid en referensgrupp.

Visst, som tankeexperiment, säg att vi i en nutida ödla vet att en viss gen ger ödlan röd färg, och den genen är metylerad på ett visst sätt i ett visst lager av huden. Om vi på något vis lyckades hitta en likadan gen i dinosaurie DNA, och därtill hittat en oskadat fragment med intakt metylering, så kunde man väl tänka sig att man kunde dra paralellen att dinosaurien kunde ha varit röd. Med reservation för att vi skulle lyckas känna igen den här rödfärgsgenen, oförändrad av slumpvisa mutationer på oessentiella ställen efter milioner av år, vilket inte heller är speciellt troligt.

 

[Mkb]

Ser att jag kanske missförstått frågan, tolkade det som att frågan handlade om utseende på DNAt inte på själva dinosaurien, men utseendet på dinosaurien är antagligen det som syftades på. Kom tillbaka egentligen bara för att lägga till att de teorier jag sett sträcker sig till att man kanske lite optimistiskt skulle kunna få tag på 1,5 miljoner år gammalt läsbart DNA, men det har man hittills inte gjort och även om man skulle göra det skulle det DNAt inte vara dinosaurie-DNA eftersom de dog ut långt tidigare. Efter 6-7 miljoner år har allt DNA brutits ner om halveringstiden på strax över 500 år stämmer, och dinosaurier dog ut för ca 65 miljoner år sedan. Även under nedfrysning i permafrost eller liknande omständigheter borde det alltså vara omöjligt för dinosaurieDNA att bevaras tillräckligt länge.

 

[Mkb]

Syns metylering öht på gamla extrakt?

Om vi tänker bort dinosaurierna helt och definierar "gamla" som kanske någon annan utdöd art i stil med neandertalare eller mammut, då har man sett tecken på metylering i DNA ja. Men då talar vi mycket yngre DNA än dinosauriernas icke existerande DNA, även om det förstås inte heller är modernt DNA direkt.

 

[hastflicka]

Tack @Mkb Nu har jag lart mig nagot nytt igen!

 

[skogaliten]

Det här kanske bidrar lite till diskussionen:

https://www.genteknik.se/aldsta-dna...-kommer-fran-en-13-miljoner-ar-gammal-mammut/

Svensk forskning...

 

[AbCdE]

Med reservation för att det är typ 100 år sedan jag studerade biologi, och epigenetik inte precis var det jag specialiserade mig på.
Så är det väl egentligen fler än en fråga.

Är det svårare att jobba med gammalt DNA? Ja, eftersom det till stor del brutits ner. Redan några årtionden gammalt DNA är svårt, eftersom det består av så korta bitar.

Metylgrupper bryts också ned med tiden, så det kommer att bli svårare att få bra resultat ju äldre materialet är.

Kan man utvinna DNA ur dinosaurier? Nej, det äldsta DNA man hittat var några hundra tusen år gammalt. Där är det redan fråga om minimala fragment. Jag har läst att någon påstår sig ha hittat dinosaurie DNA, men det anses tydligen ytterst osannolikt att det stämmer. I fossil har ju det organiska materialet brutits ned och ersatts av mineraler.

Lite oklart vad du avser med "det exakta utseendet". Den exakta gensekvensen? Dinosauriens utseende? Exakt var metylgrupperna sitter? Detta är ju specifikt för varje cell, så det man mäter är hur precis denna cell/celltyp är metylerad.

Om man nu lyckades hitta DNA från dinosaurie och lyckades sekvensera den och lyckades undersöka metyleringen, så hade man fått veta hur exakt den vävnaden, låt säga benmärg, var metylerad. Den informationen säger oss ändå i princip ingenting om hur dinosaurien som sådan såg ut. Inte ens om vi hade DNA plus metylering från alla celltyper hade informationen som sådan sagt oss hur något djur såg ut.

Men att gener aktiveras mha metylgrupper är väl inte epigenetik?

 

[AbCdE]

Om vi tänker bort dinosaurierna helt och definierar "gamla" som kanske någon annan utdöd art i stil med neandertalare eller mammut, då har man sett tecken på metylering i DNA ja. Men då talar vi mycket yngre DNA än dinosauriernas icke existerande DNA, även om det förstås inte heller är modernt DNA direkt.

Om vi struntar i så gammalt DNA. Tänk en brännskadad avliden person. Hela människans genom är klarlagt. Kan man få fram fenotyp på ett DNAprov? Eller måste man få DNA från olika celltyper för att se vilka gener som är aktiva, därmed fenotypen?

 

[Tuvstarr]

Men att gener aktiveras mha metylgrupper är väl inte epigenetik?

Metylering är i högsta grad epigenetik.
Definition från Wikipedia : "Epigenetik är den del av genetiken som behandlar förändringar i genuttryck eller fenotyp som är oberoende av förändringar i DNA-sekvensen. Epigenetiken handlar om hur DNA läses av och hur DNA uttrycks."

 

[AbCdE]

Ok, då hade jag missuppfattat epigenetik

 

[Tuvstarr]

Nu är ju metylering inte det enda som reglerar om en viss gen just den stunden, i just den vävnadstypen, används eller inte.
Så genen kan mycket väl vara ometylerad, men något annat gör att genen inte uttrycks.

Och fastän människan är sekvenserad så kan man inte speciellt noggrant säga till om hur någon ser ut, man vet inte vad alla gener gör och exakt hur de samverkar, trots att man har sekvensen. Varför jag ärvt min morfars sneda framtand
Mycket avgjordes ju redan under fosterstadiet, av gener som inte är aktiva i dag.

Men om vi nu säger att en gen som ger rött hår är aktiv bara i hårsäckar, och metylerad och inaktiv i andra vävnader, då måste man analysera en hårsäck för att kunna avgöra om genen är aktiv och personen därmed rödhårig.
Om det alltså varit så att rödhårighet syns bara hos vissa, men andra som har genen inte är rödhåriga.

 

[AbCdE]

Nu är ju metylering inte det enda som reglerar om en viss gen just den stunden, i just den vävnadstypen, används eller inte.
Så genen kan mycket väl vara ometylerad, men något annat gör att genen inte uttrycks.

Och fastän människan är sekvenserad så kan man inte speciellt noggrant säga till om hur någon ser ut, man vet inte vad alla gener gör och exakt hur de samverkar, trots att man har sekvensen. Varför jag ärvt min morfars sneda framtand
Mycket avgjordes ju redan under fosterstadiet, av gener som inte är aktiva i dag.

Men om vi nu säger att en gen som ger rött hår är aktiv bara i hårsäckar, och metylerad och inaktiv i andra vävnader, då måste man analysera en hårsäck för att kunna avgöra om genen är aktiv och personen därmed rödhårig.
Om det alltså varit så att rödhårighet syns bara hos vissa, men andra som har genen inte är rödhåriga.

Ah, tack!

 

[Mkb]

Om vi struntar i så gammalt DNA. Tänk en brännskadad avliden person. Hela människans genom är klarlagt. Kan man få fram fenotyp på ett DNAprov? Eller måste man få DNA från olika celltyper för att se vilka gener som är aktiva, därmed fenotypen?

Jag är inte så insatt som sagt men man har nyligen gjort en (liten) studie utifrån lookalikes som visade att de hade likheter i DNA medan de flesta av dem skilde sig när det kom till mönster i metylering, vilket kanske kan indikera att merparten av hur en människa ser ut i ansiktet bestäms av DNA snarare än metylering. Har man metylering gemensamt också borde man dock antagligen se ännu mer lika ut.
Länk till studie: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124722010750

 

[Tuvstarr]

Liten fortsättning, eftersom jag inte har något roligare att göra en lördagkväll
Jag har gentestat mig, för nöjets skull, inte för att jag misstänkt någon sjukdom.

I resultatet står bland annat att det är osannolikt att jag utveckar fetma, då jag tydigen har få gener för det.
Likt fan har jag ändå samlat på mig en massa övervikt
Däremot anses det nästan säkert att jag har högt blodtryck, generna talar för det. Men mitt blodtryck har alltid varit i lägsta laget, och jag blir lätt yr.
Så om mitt DNA hittades på brottsplats, och man försökte göra en fantombild av mig byggt på DNA, så hade man fått fram en smal kvinna med högt blodtryck...
Nu sades det inget om utseenderelaterade grejer i testet, bara vilket område man härstamnar från och en rad olika sjukdomar som testades för, men det hade ju varit intressant att se fler egenskaper.

 

[AbCdE]

Liten fortsättning, eftersom jag inte har något roligare att göra en lördagkväll
Jag har gentestat mig, för nöjets skull, inte för att jag misstänkt någon sjukdom.

I resultatet står bland annat att det är osannolikt att jag utveckar fetma, då jag tydigen har få gener för det.
Likt fan har jag ändå samlat på mig en massa övervikt
Däremot anses det nästan säkert att jag har högt blodtryck, generna talar för det. Men mitt blodtryck har alltid varit i lägsta laget, och jag blir lätt yr.
Så om mitt DNA hittades på brottsplats, och man försökte göra en fantombild av mig byggt på DNA, så hade man fått fram en smal kvinna med högt blodtryck...
Nu sades det inget om utseenderelaterade grejer i testet, bara vilket område man härstamnar från och en rad olika sjukdomar som testades för, men det hade ju varit intressant att se fler egenskaper.

Då jag inte heller har något bättre för mig
Det är väl det som är pudelns kärna i min frågeställning, att man skulle behöva DNA från många organ för att kunna säga något av värde om en individ

 

[AbCdE]

Jag är inte så insatt som sagt men man har nyligen gjort en (liten) studie utifrån lookalikes som visade att de hade likheter i DNA medan de flesta av dem skilde sig när det kom till mönster i metylering, vilket kanske kan indikera att merparten av hur en människa ser ut i ansiktet bestäms av DNA snarare än metylering. Har man metylering gemensamt också borde man dock antagligen se ännu mer lika ut.
Länk till studie: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124722010750

Intressant!!

 

[Mkb]

Kom att tänka på den här tråden när jag läste om att det tidigare rekordet för äldsta DNA nu är krossat, med besked, och det nya (eDNA) ligger på 2 miljoner år! Väldigt spännande läsning, och det var ett ekosystem som inte liknar något vi har idag. Det här öppnar nog upp för ännu äldre fynd av DNA.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05453-y

 

[Cattis_E]

Kom att tänka på den här tråden när jag läste om att det tidigare rekordet för äldsta DNA nu är krossat, med besked, och det nya (eDNA) ligger på 2 miljoner år! Väldigt spännande läsning, och det var ett ekosystem som inte liknar något vi har idag. Det här öppnar nog upp för ännu äldre fynd av DNA.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05453-y

Tack för att du kom att tänka på den ochbluftebuopntråden, jag hade missat den förra gången den var aktiv. Och lärde mig nåt nu